引起尿路感染最常见的致病菌是革兰阴性杆菌，其中以大肠杆菌最为常见，其次为副大肠杆菌、变形杆菌、克雷伯杆菌、产气杆菌、产碱杆菌和绿脓杆菌。其中绿脓杆菌常发生于尿路器械检查后。变形杆菌、克雷白杆菌常见于尿路结石病患者；至于凝固酶阴性的葡萄球菌(柠檬色和白色葡萄球菌)则多见于性生活活跃妇女。致病菌常为一种，极少数为两种以上细菌混合感染。厌氧菌感染罕见，偶可发生于复杂性尿路感染。