气管食管瘘危害较大，主要危害是造成孩子呛咳，这种呛咳有一个比较明显的特点是喝水、喝奶、进食以后，发生明显的进食后呛咳，但不意味着不吃就不呛咳，主要是进食以后会伴随有明显的呛咳，因为孩子不能正常喂养，会造成营养状况的滞后，生长发育相比同龄的孩子会发生明显的滞后，这是它的主要危害。同时患者还可能因为误吸、反流，造成频繁的上呼吸道和双肺的感染，甚至引起呼吸衰竭。