慢性腹泻的病程一般是两个月以上，如果连续两个月都出现了腹泻的症状，可以被称为是慢性腹泻；除此之外，如果腹泻发作的时间不长，但是在一年内累计发作超过了三个月，也可以被称为慢性腹泻。如果在这期间出现的食物中毒、消化不良或肠道疾病，就可能会使慢性腹泻的病程延长。

导致慢性腹泻的原因之一就是消化系统疾病，比较常见的有肠道感染性疾病、肠道非感染性疾病，也包括肝胆胰腺类疾病。甲状腺功能亢进症、慢性肾上腺皮质功能减退等内分泌代谢性疾病也容易引发慢性腹泻，另外，慢性腹泻的发病和某些免疫性疾病也有关系。

慢性腹泻会引发的并发症之一就是感染，除了一般的感染之外，还包括真菌感染，甚至是全身性的真菌病。再就是会出现营养不良以及维生素缺乏症，这也是慢性腹泻常见的并发症之一。除此以外，慢性腹泻的并发症还包括病毒性心肌炎以及中毒性肝炎。

慢性腹泻的发病原因之一就是患有某些代谢性疾病，较为常见的就是甲状腺机能亢进症，也有可能是患有糖尿病。各种消化系统疾病也有可能会导致慢性腹泻，比如说克罗恩病，除此以外，溃疡性结肠炎以及大肠癌等消化系统疾病也容易引发慢性腹泻。

临床上确诊慢性腹泻可以根据所出现的各种不良表现，如果发现有持续性腹泻及腹痛发烧等症状，就需要高度怀疑该病发生。同时需要借助于粪便常规检查和粪便细菌学培养检查来确定病情，且要接受消化道内镜和呼气试验方面的检查，必要时可做超声波和影像学检查项目。