巧克力囊肿在手术后有复发的可能性的，因为巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，它是指具有生长功能的子宫内膜移位到了卵巢上，从而形成卵巢巧克力囊肿，这种疾病手术后的复发率是比较高的，一般在百分之五十左右，所以临床上为了降低巧克力囊肿术后的复发率，在术中要处理是比较关键的。如果囊肿与周围组织有致密的粘连，以及与肠管、输尿管有致密的粘连，在此时应该尽量的彻底清除病灶，以及与之相连的粘连带，必要时需要请其他科室的医生共同完成手术，而且一定要注意在术后要应用GNRHA类的药物，或者是地诺孕素等等来进一步的降低手术后的复发几率。

巧克力囊肿是不会传染的，卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种特殊类型，一般情况下是不具备传染能力的。在正常情况下，女性的子宫内膜是长在宫腔内的，当具有生长功能的子宫内膜、腺体或间质种植在了卵巢表面或者盆腔，其他部位就形成了一位囊肿，这种异位囊肿也受到性激素的影响，每个月会发生周期性的出血，从而使卵巢逐渐的增大，体内形成含有陈旧性积血的囊肿，我们叫做卵巢巧克力囊肿，这种情况下是不会传染其他女性的。我们在日常生活中建议出现此种情况的女性，应该积极的锻炼身体，增强身体的免疫力。平时日常生活中应该注意饮食，避免腹部着凉。

巧克力囊肿会导致盆腔结节的，这往往是由于巧克力囊肿是子宫内膜移位症的一种特殊类型，它是指具有生长功能的子宫内膜、腺体或者间质侵入卵巢组织所引起的卵巢囊肿。这种囊肿如果长期发展得不到控制，与移位的内部有可能种植到盆腔，就会引起盆腔移位结节，严重者会导致盆腔部位产生包块。出现此种情况时，患者有可能会出现性交后疼痛加重，平时会出现腹部疼痛，严重者会影响工作和生活，而且对女性的月经影响也会很大，还有可能因此会引起不孕症的发生。

由于巧克力囊肿是由子宫内膜腺体间质移位到卵巢所引起的囊肿，这是由于子宫内膜碎片移位到了卵巢所形成的包裹性的囊肿。在平时来月经时囊肿会出现一个比较明显的疼痛，而且囊肿会逐渐的增大，那么我们在临床上可以采取腹腔镜手术治疗，但是手术就会出现副损伤，有可能会对卵巢组织造成一定的伤害，影响到卵巢的功能，从而导致女性的卵巢功能衰退。而且手术后还有可能会造成盆腔组织器官的粘连，患者可能会出现下腹部不适，甚至疼痛等临床表现，有一部分患者还会出现性生活时出现腹部疼痛的现象。建议女性在平时日常生活中注意腹部的保暖，避免受凉。

巧克力囊肿会引起不孕。卵巢巧克力囊肿又称为卵巢子宫内膜异位囊肿，主要症状是下腹痛、痛经、不孕及性交不适。巧克力囊肿不孕率高达40%。引起不孕的原因主要有：盆腔微环境改变影响精卵结合及运送，免疫功能异常导致抗子宫内膜抗体增加而破坏子宫内膜正常代谢及生理功能、卵巢功能异常导致排卵障碍和黄体形成不良等。此外，未破裂卵泡黄素化综合征在巧克力囊肿中具有较高的发病率。对于有生育要求的巧克力囊肿女性，虽然有时候囊肿不大小于4cm，在积极备孕，且排除排卵异常及丈夫精液的问题，半年左右还不成功怀孕，可以考虑腹腔镜检查，在剥除囊肿的同时还可以进行输卵管通液，分解周围粘连。因为这种囊肿不会随着时间而自行好转，目前也没有很好的药物可以根治，如果不手术，卵巢功能的破坏和盆腔粘连越来越严重，导致手术效果不好，术后复发率极高，且怀孕几率大大降低。首选腹腔镜手术，术后可以增加怀孕的几率。