扁桃体在身体里主要起到有免疫的作用。扁桃体在儿童时期，能够分泌淋巴细胞，可以抵御外界细菌或病毒的感染，因为扁桃体位于口咽部，是口咽部的第一道防线。当进食或呼吸的时候，都是要通过口咽部，细菌和病毒也比较容易使口咽部感染，所以，扁桃体是第一道防线。
但是，扁桃体一般在十岁到十四岁左右会逐渐的萎缩，作用也会逐渐的消失。儿童如果扁桃体反复的发炎，每年在两到三次，连续两到三年，也要考虑行扁桃体的切除。
第二，如果扁桃体增生非常明显，比如到三度大，使咽腔狭窄，导致病人出现打鼾，尤其是打鼾的过程当中，出现呼吸暂停，造成病人缺氧，引起一系列缺氧的表现，比如白天嗜睡、儿童会出现身体与智力发育异常、精神烦躁等等这些症状的时候，需要将扁桃体切除，如果扁桃体本身长期的慢性炎症，导致病人有远期并发症，像有肾炎、风湿性心脏病、风湿性关节炎等等，这些并发症的时候，也需要将扁桃体切除。还有少数病人长期的低热，检查与扁桃体慢性的炎症有非常直接的关系，这时候也需要将扁桃体切除。所以，扁桃体在儿童时期，免疫作用对身体是非常有利。但是，当有慢性的炎症，引起身体有病变反应的时候，根据情况也要将扁桃体切除。