甲状腺功能亢进需口服的大多数药物很可能导致肝功能损害，白细胞、粒细胞减少；男性性欲减低、阳痿、精子数量减少，可能导致不育，男性乳房还有可能发育；女性月经紊乱、闭经、痛经、不孕，还有就是肌无力，甚至肌肉萎缩，一般会出现甲亢性的周期性麻痹。严重的还有可能出现骨质疏松、精神分裂症、抑郁症等等。
甲状腺功能亢进的典型症状就是心慌、出汗特别多、怕热、体重下降、大便次数增多，有的患者还会出现明显的心脏的疾病，首先就是心血管系统：出现心率增快、心律失常、心绞痛，严重的出现心功能不全，心肌梗死，多发的就是甲亢性心肌病。
由于甲状腺功能亢进需要药物治疗，大多数药物很可能导致肝功能损害，所以必须定期复查甲状腺功能以及肝功能随时调整药物剂量或者增加保肝药物。一般也是因为药物作用导致，因为常规的口服治疗甲状腺功能亢进的药物有降白细胞、减少粒细胞的作用，所以一般需要服用升白的药物。甲亢患者也需在医生指导下用药或者怀孕。