间质性肺炎根据病因不同，并发症也是不一样的。但是最常见的并发症还是由于肺纤维化导致的呼吸困难，导致的呼吸衰竭，这是最严重的并发症。
呼吸衰竭主要表现为一型呼吸衰竭，也就是以低氧为主要表现的，不伴有二氧化碳潴留的情况。并且低氧是不容易被纠正的，因为主要是因为弥散膜就是肺间质这一块发生病变了，氧气不容易进入到患者的血液循环。因此一旦发生肺纤维化导致的呼吸衰竭，情况发生，医生即使使用高流量的吸氧，其实也很难纠正。到达了终末期的情况，医生还是推荐给病人进行肺移植治疗，当然前提是间质性肺炎的原发疾病能够得到良好的控制。
间质性肺炎的别的并发症，还包括有严重的咳嗽，有的咳嗽即使用药物也难停止的，是医学上目前治疗的一个难点。间质性肺炎的并发症还有其它的，包括因为长期的呼吸衰竭导致的酸碱失衡、电解质紊乱这一些，最常见的有代谢性酸中毒，低钾、低氯导致的代谢性碱中毒等等，是它的第三部分。间质性肺炎还可能会合并，合并的情况就包括有些原发疾病的表现，比如干燥（综合症）的病人，可能合并有胃食管的反流、消化道的溃疡这样一些情况。