这个问题应该谈得太广泛了，囊肿首先确定是不是囊肿，是一个囊性的，还是实性的、囊实性的结构，这个需要在超声定位下来明确，是最好的方法。
第二，囊肿长在什么位置。如果囊肿长在体表，如果不太大，就建议观察，如果是确实超过两公分以上，甚至影响人的生活，这种囊肿还是建议进行门诊手术切除就比较好；如果囊肿是长在甲状腺上，甲状腺上的囊肿一般往往来说如果不是特别大，压迫气管，甚至影响吞咽困难，这部分囊肿都建议观察，现在也可以在超声定位下，进行囊肿的穿刺治疗，也是一个比较好的方法；还有就是囊肿如果长在肝脏上，这个肝脏囊肿现在是非常常见的。
在体检的过程中，有相当一部分人发现有肝脏的囊肿，这个要分几个情况：如果当囊肿比较小，就可以观察；如果一般囊肿超过了5cm，而长在了肝脏的左叶，那种肝脏的囊肿还是建议进行积极治疗的，一个进行手术的囊肿开窗引流，或者是超声定位下的穿刺引流；如果囊肿虽然大于5cm，长在了肝脏的右叶，这时候肝囊肿也可以进行观察，一般肝脏右叶的囊肿，如果超过了10cm以上的，这时候还是建议进行手术，5cm还可以进行观察。
所以囊肿到底是怎么治疗，第一，和囊肿大小有关系，第二，还和囊肿长的部位有关系。有一部分囊肿是长在胰腺上的，长在胰腺上的囊肿，往往一般来说很难判断囊肿是良性的，还是恶性的，所以如果年龄比较年轻，囊肿长在了胰体尾上，也建议这种囊肿先观察，如果进一步增大，也是建议积极的手术的，因为胰腺即使是囊性的肿瘤，恶性程度也是比较高的，如果能早期切除，对人的寿命来说影响是比较小的。所以囊肿到底怎么治疗，第一，取决于囊肿大小，更重要的是看囊肿长在了，哪个器官上，对于治疗有起到了非常重要的作用。