卵巢巧克力囊肿有可能会影响女性月经的。如果卵巢巧克力囊肿比较小，对月经的影响则不明显；如果是比较大的囊肿，则会对卵巢组织破坏的比较多，就会表现为月经的异常，临床上通常会引起月经量特别多。它会影响女性的卵巢功能，由于部分女性会表现为经期延长，而且女性卵巢功能受到影响会影响女性的排卵，甚至引起月经经期的延长。在临床上，对于卵巢巧克力囊肿这样的患者，应该定期进行超声检查，以排除巧克力囊肿迅速的长大，必要时则需要进行手术治疗。

巧克力囊肿治疗方法有手术治疗、药物治疗、放置宫内节育器等，主要是根据患者的年龄、生育要求的综合评估。1、对无生育要求，年龄45岁左右、症状重、病灶累及重要脏器或多种治疗无效者，建议行全子宫双附件切除术根治。双侧卵巢切除后，没有激素的支持，异位的病灶会萎缩退化消失。2、对于年轻要求生育的患者和不孕症患者经全面检查排除其不孕因素，首先应该尽早在腹腔镜下明确诊断，分离盆腔粘连，去除肉眼可见的病灶，恢复正常的解剖结构。保留子宫和卵巢。手术可以明确诊断，排除恶性肿瘤，缓解疼痛，改善生活质量，能显着提高轻度内异症的自然妊娠率。然后药物抑制内异症的残余病灶，改善盆腔的免疫环境，抑制雌激素水平。最后，建议中重度患者尽早积极采用辅助生殖技术助孕。不应长期期待或药物治疗。3、对无生育要求较年轻的患者可以选择腹腔镜手术去除病灶，保留卵巢和子宫，宫内放置曼月乐的方法，曼月乐是一种含有孕激素的宫内节育器，即可以避孕，又可以缓解痛经和月经过多的症状，预防内异症复发。如果没有口服避孕药禁忌症的患者也可以长期服用避孕药。

巧克力囊肿的常见症状为疼痛、盆腔包块和不孕。疼痛主要表现为痛经，月经来潮前或者其前后下腹部为主的疼痛。疼痛可能与月经周期有关系，也可能与月经周期无关，时轻时重。此外，还可引起深部性交痛。巧克力囊肿破裂会引起急性下腹痛，这种情况需要急诊手术治疗。巧克力囊肿是引起不孕的常见原因，在不孕患者中，50%的病因与巧克力囊肿有关系。子宫内膜异位症引起不孕的原因很多，可能是卵巢功能本身的问题，或者腹腔微环境的问题。巧克力囊肿形成病灶以后，由于每月一次的反复病灶出血，巧克力囊肿会逐渐长大，长大的过程中，如果张力过大，囊肿就会破裂。如果内容物较多或者较大，就会导致急性的剧烈腹痛；如果囊肿很小或者破口很小，破口可以自然闭合，但流出去的囊内液会导致囊肿与周围器官粘连。

巧克力囊肿要用腹腔镜下囊肿剔除术来治疗。巧克力囊肿，也称卵巢子宫内膜异位囊肿，育龄期患者常合并不孕症，在不孕或有盆腔疼痛的妇女中的发现率为20%到68%，首先需对患者进行全面的不孕检查和生育评估，来给予生育指导。17%到44%子宫内膜异位症患者表现为卵巢内异囊肿，对首次发现的卵巢异位囊肿直径≧4cm，考虑手术治疗，首选腹腔镜下囊肿剔除术。但手术后极易复发，复发率为6%到67%。术后5年高达40到50%。为了预防复发，可以给予促性腺激素释放激素激动剂、孕三烯酮、短效口服避孕药、孕激素、米非司酮等药物等来预防复发，一般需用6-9个月。

巧克力囊肿术后需要吃孕激素、雄激素类衍生物如合成的17α乙炔睾丸酮（达那唑）、19—去甲睾酮衍生物（孕三烯酮）、促性腺激素释放激素激动剂(GnRHa)、米非司酮等药物。巧克力囊肿是“肿块”但并非是“肿瘤”，是子宫内膜异位症的一种病变。建议经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术、内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。巧克力囊肿术后容易复发，可以选用下列药物预防复发：孕激素、雄激素类衍生物如合成的17α乙炔睾丸酮（达那唑）；19—去甲睾酮衍生物（孕三烯酮）；促性腺激素释放激素激动剂(GnRHa)；米非司酮。建议GnRH或孕三烯酮治疗内异症，但副作用大，易复发。建议看中医吃煎药，成药效果不佳。还有一个方法，假如已经生育，建议放曼月乐环，有治疗内异症作用。