牙齿矫正容易引发口腔疾病，容易使牙根受到损伤。牙齿表面以及釉质层的损害，还有牙根损害以及牙周的破坏，有患者可能需永久的带上保持器。长期稳定性是传统正畸常见问题，除非患者选择更换牙齿，不然治疗后通常都会导致复发，复发的频率是非常高的。这需患者长期佩戴这种保持器，来维护这种矫正的效果。牙齿表面有牙釉质组成，是一种坚硬的矿物质图层，可以保护牙齿免受腐烂。当使用托槽时，这些托槽就会与唾液产生化学反应，这时就会腐蚀牙齿上的牙釉质。由于托槽被固定在牙齿上，所以很难清洁，如果牙齿没有得到适当的清洁，导致牙龈的疾病、牙齿腐烂和脱钙问题。正畸治疗中，有患者牙根可能会受到损伤。随着时间的流逝，牙根就会因此溶解，但这种情况往往发生在固定器具治疗中，可拆卸的器具几乎不造成牙根的损害。有些人的牙齿通过常规治疗，并不能解决牙齿弯曲问题，所以需永久的佩戴。

牙齿正畸后可能会出现牙齿的龋坏、牙龈炎或牙齿松动。牙齿正畸是在牙齿上粘接托槽，然后通过外力施加在牙齿上，达到牙齿移动的目的。牙齿粘接托槽的周围易滞留食物，不易及时的清除，牙齿可能会出现脱框。如果没有及时治疗，可能会引起牙齿的龋坏。牙齿正畸后，也可能会导致牙齿的牙本质过敏。另外，牙齿正畸后，如果口腔卫生不好，牙齿周围有食物残渣，或软垢堆积，会引起牙龈炎，牙龈周围红肿、溢血，出现刷牙出血或吃东西出血，需及时的洗牙，在牙齿冲洗上药。牙齿正畸后，牙齿在新的位置上，尚未达到新的动力平衡，肌肉的平衡尚未建立，牙齿可能会引起不同程度的复发。如果正畸牙齿移动过程中，施加在牙齿上的力量过大，可能会引起牙齿的松动以及不同程度牙齿牙根的吸收，所以在征集过程中可能会出现牙齿脱框、牙龈出血，或牙根吸收、牙齿松动等副作用。在正畸治疗过程中，要认真的刷牙，定期的对牙周进行保健，比如定期洗牙，可以用消炎漱口的药物，是牙周进行维护防治这种副作用的出现。

正颌是一个外科手术，在一些有骨性发育畸形的患者适用这种手术。这种手术存在着术中和术后的两种风险：术中的风险一般来说跟普通的手术一样，主要是因为创伤造成，创伤可以造成软组织和骨组织的损伤，包括神经、血管的损伤和一些特殊的重要解剖结构的损伤，在术后的风险主要是出血、水肿、血肿、神经的麻痹；另外把骨块切割分开，重新排列组合之后，需要用钛板进行固定，钛板是一种机械装置，它也存在着断裂、松动的可能；还有一种风险是把骨块进行固定之后，骨块可以受到组织肌肉这种拉力，在拉力的作用下有可能出现骨块的移动，不管出现了哪一种情况都建议及时跟正颌医生取得联系、进行复诊，视情况决定是否需要进行医疗干预。

牙齿正畸常用的方式有四种：第一种是功能性矫治器，功能性矫治器主要用于乳牙时期，乳牙时期包括对前牙的反合，它有一些下颌前突，或面中分骨发育不足的缺陷趋势进行早期的阻断；第二种矫治器就是最常使用的固定矫治器，是通过在牙齿上粘贴、带环、托槽，然后在带环和托槽上放置弓丝，然后利用结扎或者说其他的一些机械装置产生正畸力的方式进行正畸，固定矫治器使用也是目前最多的一种矫治器；第三种为隐形矫治器，隐形矫治器从外观上看是像一个透明的牙套，它是通过牙套制作的材料性能不同来提供正畸所需要的推力和牵引力达到正畸目的的一种正畸方法；第四种方法是有一些正畸没有及时进行，出现了颌骨的畸形改变，进入了成年期之后，往往依靠单纯的正畸手段不能够得到有效的解决，这时候会使用外科正颌的方法进行正畸治疗。

有糖尿病、血液病等全身性疾病，或长期服用类固醇类药物或怀孕，都会影响牙周健康，不宜接受正畸治疗。严重牙周病，例如牙槽骨吸收、牙龈严重萎缩的人群。此类人群建议直接进行全瓷牙或者种植牙，如果想通过正畸改变牙齿形态非常难。