慢性肠炎可以口服左氧氟沙星片、美沙拉嗪片、复方谷氨酰胺胶囊、益生菌、蒙脱石散等药物进行治疗。慢性肠炎常见的原因有，因进食不洁饮食导致肠道细菌感染，出现了肠道的黏膜充血、肿胀。此外，还有饮食不规律、生活习惯紊乱、睡眠不好也可以导致慢性肠炎，免疫功能紊乱也可以导致结肠的炎症性病变，主要是溃疡性结肠炎的表现。
如果是感染因素引起的慢性肠炎，通过化验大便常规，明确有细菌感染，可以口服左氧氟沙星进行抗菌治疗。如果是溃疡型结肠炎引起的，可以口服美沙拉嗪片治疗。慢性肠炎一般都会有肠道的菌群紊乱，也就是肠道内有益菌减少，有害菌增多，可以同时补充益生菌调节肠道菌群，同时可以口服复方谷氨酰胺胶囊保护肠黏膜、营养肠道。如果腹泻比较明显，可以口服蒙脱石散止泻治疗，对于慢性肠炎最好是做结肠镜检查，同时化验大便常规，根据具体的病变情况采取相应的治疗措施。
