脑干位置的特殊性常常排除了手术在脑干胶质瘤治疗中的作用。病人常被给以放疗，从而使很多病人最终缺乏组织病理诊断，目前治疗上较大的进步就是认定了这是一类生物学上别具一格 的亚群。

在脑干肿瘤这个特殊群体中，一个极端就是桥脑弥漫性胶质瘤，高度侵袭性，不能手术;另一个极端则是顶盖胶质瘤，自然史特长，适合于脑脊液分流手术和继续观察。

过去15-20年中外科技术的进步不仅使得它成熟，而且使其成为颈延髓交界处和背侧外生性治疗的手段。术中影像技术的进步和导航技术的出现增加了外科医生进行最大程度治疗切除的能力。

化疗在过去的岁月里，很少被使用在脑干胶质瘤中，目前日渐作为一种治疗办法，尤其是在那些年轻儿童，为了延迟放疗对孩子生长和发育的抑制作用，如果化疗不能起到阻止肿瘤进展的作用，则三维适形放疗可以用来控制治疗生长。

在许多组病例资料中，低度胶质瘤的长期生存率都达到了100%。在另一方面，无进展存活比较低，大约为70%，慢性致残很常见。肿瘤对脑干，长束和颅神经的局部压迫导致了治疗相关的致残表现以及治疗钱的神经功能缺损症状。症状的持续以及致残的严重性是和长程神经功能预后相密切关联的因素。

脑干胶质瘤的成功治疗不仅需要有经验的神经外科医生，放疗专家和神经内科医生，也需要有经验的心理学工作者，教育专家和职业的物理治疗师。

外科手术切除是治疗小的局灶性的起源于颈延髓交界处和背侧外生性胶质瘤的一个方法。手术之前需要考虑肿瘤的位置(手术的可能性)，症状的持续时间(肿瘤生长的速度的判定)，以及诊断的时候神经缺损的严重程度(术后神经功能恢复重要的预测指标)。

脑干低度恶性胶质瘤与周围正常结构的密切毗邻限制了对大部分肿瘤的根治性切除。然而，近全或者全部切除小型的局灶性的肿瘤能获得94-100%的5年无进展期。

位于髓内的或者在面神经丘水平的(位于第四脑室底)通常不是手术所能达到的。在这些位置，手术通常会带来严重的后果。