胃肠道间质瘤的复发率不能一概而论。从宏观角度看这个疾病，在单以手术治疗为主的年代，可能做完手术以后，尤其一些高复发风险的肿瘤，由于对这些肿瘤的认识是一个逐渐的过程，在以前的高复发风险的肿瘤，通过手术治疗以后可能40%-50%的病人很快就会有复发。最近20年以后，随着对这个疾病的了解，对于它的发生的病因的了解，包括基因突变的这种类型的改变，会更清楚的认识到它的一些内在的规律。对于这些病人，现在的治疗模式是在手术的基础上给予一些靶向药物治疗，它的复发风险降到非常低，这样可能对一些极低微的病人，通过手术治疗复发率可能就非常非常的低，对于一些高危复发风险的病人，复发率在40%左右的这些病人，通过一些靶向药物的治疗，以及一些其他治疗的综合应用，最后它的复发风险就会降得很低。
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