肛瘘发作了出现疼痛，可以使用止痛药或打消炎针缓解，择期手术治疗。肛瘘疼痛流脓说明比较严重，可以通过口服止痛的药物缓解，如布洛芬胶囊。必要时也可以打止痛针缓解疼痛，也可以用清热解毒、消炎止痛的中药进行坐浴，并打消炎针抗感染治疗，缓解肛瘘发作引起的疼痛。但这些方法只能暂时缓解疼痛，并不能治愈肛瘘。解决肛瘘疼痛最好的方法是要及时做手术，把肛瘘的内口和瘘管，外口完全切除干净，然后做好伤口引流，促进引流通畅，再静脉点滴喹诺酮类或头孢类的抗生素抗感染治疗，伤口消毒换药，配合红外线理疗，伤口愈合后就可以治愈肛瘘。
