卵巢巧克力囊肿是很严重的疾病，因为卵巢巧克力囊肿会导致女性卵子的排出出现障碍，甚至会影响卵巢功能从而会引起不孕不育症的发生危害是比较严重的。而且卵巢巧克力囊肿的患者，除了能感到食欲不振、体重减轻、腹部肿胀外，严重者甚至会引起腹部剧烈疼痛。当囊肿破裂以后甚至会出现腹膜刺激症的这种情况，而且到了怀孕中期时，出现卵巢巧克力囊肿容易合并有卵巢囊肿蒂扭转。当晚期囊肿过大时容易引起难产，甚至容易引起巧克力囊肿的破裂。一旦巧克力囊肿变大甚至变性，都有可能会影响女性的生育功能，使精子卵子不能结合，从而影响生育导致不孕症的发生。

对于巧克力囊肿的女性，如果这时囊肿比较小，痛经症状又不是特别严重，那可以通过药物来保守治疗，比如口服达拉唑，或者是孕三烯酮。还可以考虑直接在月经期间，服用非甾体类的抗炎药，来进行对症止痛治疗，比如常用的布洛芬缓释胶囊，或者是吲哚美辛。同时对于有生育要求的女性，在巧囊不是特别大时，可以考虑尽早备孕怀孕，因为在怀孕以后巧克力囊肿就会萎缩变小，甚至是可能自愈。但如果巧囊已经超过5厘米，这时保守治疗效果不佳，就只能够考虑行腹腔镜手术将其切除，术后需要肌注曲普瑞林来避免巧囊的复发。如果女性因为巧克力囊肿已经出现破裂，那这时就需要考虑行急诊开腹手术治疗。

巧克力囊肿术后打促性腺激素释放激素激动剂6到9个月，用于预防囊肿复发。巧克力囊肿术后复发率较高，为预防囊肿复发，建议术后立即开始用促性腺激素释放激素激动剂（包括达菲林、诺雷德等）连续用药6到9个月。用药期间体内激素水平类似切除双侧卵巢后状态，无月经来潮、不排卵，称为假绝经疗法。异位子宫内膜失去雌激素维持，发生萎缩、凋亡、逐渐消失，达到预防复发作用。停药后可很快恢复排卵和月经周期，就可怀孕，不影响卵巢功能。尤其对于有生育要求的患者更为合适。以上方法副作用较大，主要是骨质疏松和更年期综合征，但对预防复发和生育价值很大。副作用可用“反加疗法”缓解，即补充最小量雌激素，如戊酸雌二醇片，使体内雌激素水平不至于导致严重骨矿物质丢失。

巧克力囊肿穿刺抽液术是指在超声引导下经皮穿刺抽吸巧克力囊肿内积血联合硬化剂硬化治疗。是在超声影像的引导和监视下，利用直径一点一毫米的金属针准确穿刺到“巧囊”内，穿刺路径可以是经下腹部或者经阴道，主要视患者已婚否和囊肿的位置高低以及穿刺路径上的障碍大小等因素而定，先把长期淤积的陈旧性血液抽吸掉，用生理盐水充分清洗囊腔后，再用无水乙醇或聚桂醇冲洗囊腔，使得囊腔的内皮细胞发生坏死，丧失“再出血”的能力。硬化治疗是不将囊肿剥除拿出体外的，而是使得囊肿内膜坏死，坏死组织逐渐被机体吸收达到治疗目的。穿刺硬化治疗的最大优势是真正的微创，在腹壁、囊肿壁上仅仅造成一点一毫米的细微穿刺针眼，对聚桂醇硬化剂对卵巢组织的损伤十分轻微。不过，巧克力囊肿首次治疗一般选择手术治疗。复发的患者可以选用穿刺抽液的方法。

巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，因为囊肿的内容物是子宫内膜和陈旧性的血液，样子很像巧克力，所以称为巧克力囊肿。子宫内膜异位生长在卵巢上，异位的内膜与子宫腔内的内膜一样，都会随着卵巢分泌的雌孕激素的变化而变化，而发生坏死脱落流血，但是因为没有排出的通道，只能集聚在卵巢内，久而久之形成囊肿，这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。