目前临床上认为巧克力囊肿的形成原因，是具有生长功能的子宫内膜异位到了卵巢位置，从而形成卵巢巧克力囊肿。它属于子宫内膜异位症的一种，病因主要是子宫内膜种植而形成的，所以巧克力囊肿的形成原因是因与饮食没有关系的。在正常情况下子宫内膜就在子宫腔内，随着卵巢分泌激素的影响而发生周期性的脱落，而子宫内膜跑到了卵巢的位置，就会形成卵巢巧克力囊肿，这种情况下如果囊肿较小是不用需要手术的。如果囊肿大于五厘米而且临床的不适的症状比较明显，则需要进行手术治疗。在饮食上应该避免食用辛辣、寒凉、生冷等刺激性的食物，这些食物不利于机体的恢复。

女性患有巧克力囊肿时，有可能会引起左下腹或者右下腹的疼痛的。如果病灶是在左下腹部，会引起左下腹部疼痛，这是因为巧克力囊肿是由于具有生长功能的移位的子宫内膜腺体或间质侵入卵巢所引起的囊肿。在月经期前后会出现疼痛，如果在非月经期，当囊肿发生扭转或者破裂，也会出现小腹部疼痛的现象。如果病灶在左侧，是会发生左侧小腹部疼痛的现象。巧克力囊肿里面的液体是呈咖啡色的，所以粘稠又称之为巧克力囊，这种囊肿一般会双侧较多，也有一部分患者呈现单侧病灶的出现。

巧克力囊肿治疗方法有手术治疗、药物治疗、放置宫内节育器等，主要是根据患者的年龄、生育要求的综合评估。1、对无生育要求，年龄45岁左右、症状重、病灶累及重要脏器或多种治疗无效者，建议行全子宫双附件切除术根治。双侧卵巢切除后，没有激素的支持，异位的病灶会萎缩退化消失。2、对于年轻要求生育的患者和不孕症患者经全面检查排除其不孕因素，首先应该尽早在腹腔镜下明确诊断，分离盆腔粘连，去除肉眼可见的病灶，恢复正常的解剖结构。保留子宫和卵巢。手术可以明确诊断，排除恶性肿瘤，缓解疼痛，改善生活质量，能显着提高轻度内异症的自然妊娠率。然后药物抑制内异症的残余病灶，改善盆腔的免疫环境，抑制雌激素水平。最后，建议中重度患者尽早积极采用辅助生殖技术助孕。不应长期期待或药物治疗。3、对无生育要求较年轻的患者可以选择腹腔镜手术去除病灶，保留卵巢和子宫，宫内放置曼月乐的方法，曼月乐是一种含有孕激素的宫内节育器，即可以避孕，又可以缓解痛经和月经过多的症状，预防内异症复发。如果没有口服避孕药禁忌症的患者也可以长期服用避孕药。

巧克力囊肿是长在卵巢上，在卵巢上出现囊肿，囊肿里边的囊内液体，不是清亮的而是巧克力色。因为囊肿内有出血，鲜血时间长了就变成咖啡色变成巧克力色，所以俗称巧克力囊肿。巧克力囊肿常见为卵巢的子宫内膜异位症，有少部分是因为卵巢的其他囊肿，伴随着囊内出血也变成巧克力囊肿。应该强调的是巧克力囊肿它只是描述了囊肿内的囊液是巧克力颜色，并不能完全代表是卵巢的子宫内膜异位症。可能是卵巢囊肿合并囊内出血，也可能是恶性肿瘤。卵巢巧克力囊肿常常是通过超声发现，但超声只看到卵巢有一个囊肿，囊内的回声不均匀，真正的巧克力囊肿的咖啡色，要通过把囊肿囊液抽出来后才能知道是巧克力囊肿。

巧克力囊肿会影响月经吗？一般来讲，卵巢的巧克力囊肿不会影响月经，因为月经是由卵巢的雌孕激素，是由整个人体内的有一个生殖内分泌轴来决定月经的。卵巢它主要是分泌雌孕激素，雌孕激素作用在子宫内膜，使子宫内膜出现周期性的变化，出现周期性的脱落，那么在脱落的过程中会有出血，所以我们叫它月经。一般来讲卵巢的巧克力囊肿不会影响卵巢分泌雌孕激素，所以它对月经的影响几乎没有。如果说患者的月经不正常，到医院来检查，可能会是因为其他的原因造成的月经的不调，而并非是因为卵巢的巧克力囊肿。当卵巢巧克力囊肿长得过大，或者出现破裂的时候，在这种情况下，有可能使患者暂时的出现月经的不正常。比如说点滴出血，或者是时间过长，也可能会出现闭经。但总的来讲，卵巢的巧克力囊肿不会影响正常的月经。