目前在临床上，对于女性来说要禁止在月经没有干净时进行性生活，即月经期是禁止性生活的。同时要注意性卫生，注意保持外阴阴道的清洁、干燥、卫生。在月经没有干净时要停止性生活，同时要做好避孕措施，尽量减少做宫腔操作，以减少子宫内膜异位症的发生，所说的宫腔操作，比如人工流产、刮宫、取环、上环等等。对于已经患有子宫内膜异位症的患者，卵巢囊肿的患者需要定期的去医院进行检查，以防止囊肿突然的长大或者破裂。同时在日常生活中应该调整好自己的情绪，保持乐观愉悦的心态，使自己机体的免疫系统恢复正常。要注意自身的保暖，避免受寒受凉，要注意腹部的保暖，注意调整自己的情绪，不要长期的过于焦虑、心烦，否则会干扰女性妇科内分泌，引起月经的紊乱。

目前在临床上并没有发现哪种运动能够有效的控制住巧克力囊肿。因为女性做普通运动为了增强体质提高机体的抵抗力，但是并不能够抑制巧克力囊肿的长大，也不会让巧克力囊肿出现萎缩，变小的现象。同时对于卵巢巧克力囊肿过大的女性，如果进行剧烈的运动，有可能会导致巧克力囊肿破裂，甚至会引起囊肿的扭转。所以对于巧克力囊肿太大的女性，在临床上反而建议禁止做剧烈的运动。同时，在医生的诊疗下，应格外建议尽快的进行手术切除治疗，将巧克力囊肿病灶进行切除，术后要积极的预防复发。

巧克力囊肿术后打促性腺激素释放激素激动剂6到9个月，用于预防囊肿复发。巧克力囊肿术后复发率较高，为预防囊肿复发，建议术后立即开始用促性腺激素释放激素激动剂（包括达菲林、诺雷德等）连续用药6到9个月。用药期间体内激素水平类似切除双侧卵巢后状态，无月经来潮、不排卵，称为假绝经疗法。异位子宫内膜失去雌激素维持，发生萎缩、凋亡、逐渐消失，达到预防复发作用。停药后可很快恢复排卵和月经周期，就可怀孕，不影响卵巢功能。尤其对于有生育要求的患者更为合适。以上方法副作用较大，主要是骨质疏松和更年期综合征，但对预防复发和生育价值很大。副作用可用“反加疗法”缓解，即补充最小量雌激素，如戊酸雌二醇片，使体内雌激素水平不至于导致严重骨矿物质丢失。

多次人工流产就特别容易导致巧克力囊肿疾病出现，女性朋友日常生活里面没有做好避孕措施，就会意外怀孕，如果反复人工流产，那么在进行流产手术的时候，子宫的压力就会发生改变，会导致子宫内膜碎片进入到盆腔，巧克力囊肿就会出现。现在的人思想比较开放，所以性生活也比较紊乱，如果女性在性生活的时候没有注意卫生，像是在月经期间进行性生活，就特别容易让月经血进入到盆腔，导致巧克力囊肿发生，女性朋友一定要小心，在月经期间一定不要进行性生活，在平时也应该注意双方的生殖器官清洁。出现巧克力囊肿还有可能是因为免疫功能受到损害，女性的卵巢部位如果免疫能力不足够，盆腔里面的子宫内膜碎片没有办法及时排出体外，这个时候卵巢的部位就会生长，会造成巧克力囊肿问题出现。

巧克力囊肿治疗，可以采用药物或手术的方法治疗。强调个体化治疗，主张选对药物积极治疗，并结合密切随访复查，注意卵巢囊肿的性质变化，症状轻或无症状的轻微病变患者选用期待疗法。有生育要求的轻度患者明确诊断后先行药物治疗，病情重者行保留生育功能的手术。年轻但无生育要求的重症患者，可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗，症状及病变均严重的无生育要求患者可以进行根治性手术。手术方法有开腹手术和腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是最佳的处理方法，目前以腹腔镜确诊加手术以及药物为内异症治疗金标准。迄今为止，除根治性的手术外，还没有理想的根治方法，无论是药物治疗或保守性的手术治疗，都有相当高的复发率。因此应该根据患者年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求，患者的主观愿望等因素加以选择。