巧克力囊肿实际上是子宫内膜异位症的一种，子宫内膜异位症是指，正常的子宫内膜应该在子宫腔里面，如果长到其他位置就叫异位，最常见的就是长到卵巢上面，形成子宫内膜异位症，表现就是形成囊肿，这个囊肿它内含的是陈旧性的液体，这种经血样的液体就叫巧克力样囊肿，这是大家比较普遍的一种叫法。
巧克力囊肿的发生原理就是，子宫内膜长到卵巢上面，内膜随着激素的分泌，会像来月经一样发生出血的现象，所以，它会形成巧克力样液，最后包裹形成囊肿，一旦形成囊肿以后，不把它切除不可能会自愈，但是囊肿每次来月经时会增大甚至会破裂，有时候会缩小，所以巧囊缩小是可以，但是它不可能会自愈，基本上是通过手术治疗才能够让囊肿完全的消失。另外，即使药物治疗也不能让巧囊完全消失，只能让内膜发生萎缩，减少它分泌液体，但是不能让它完全消失，所以用药可以让巧囊保持稳定，或者有一定的缩小，但是也不能让它完全消失。